پژوهشکده‌های دارای موافقت قطعی

• پژوهشکده مطالعات و تحقیقات حمل و نقل (تلفن تماس: 66164185)
• پژوهشکده مخابرات نظری
• پژوهشکده الکترونیک
• پژوهشکده علوم و فناوری‌های انرژی، آب و محیط زیست 
• پژوهشکده علوم و فناوری نانو
• پژوهشکده سیاست گذاری علم صنعت و فناوری

      پژوهشکده‌های دارای موافقت اصولی

• پژوهشکده زیست فناوری و محیط زیست (تلفن تماس:66164104- 66164101)
• پژوهشکده توسعه علوم و فناوری فضا
• پژوهشکده مطالعات اقتصادی و صنعتی شریف
•  پژوهشکده شهید رضائی

 پژوهشکده‌های دارای موافقت شورای پژوهشی دانشگاه

• پژوهشکده مهندسی پزشکی و سيستم‌های سلامت

• پژوهشکده فناوری اطلاعات و ارتباطات پیشرفته

پژوهشکده‌های تقاضا محور (ستادی) 

• پژوهشکده شهید نیلی
• پژوهشکده علوم و فناوری شهید احمد کاظمی
• پژوهشکده تهرانی مقدم (تلفن: 66166039)
• پژوهشکده بالا دستی نفت شریف