اتاق تمیز (Clean  room) مرکز آماده بهره برداری و استفاده توسط شرکت‌های مستقر و سایر مراکز مربوطه می‌باشد. تجهیزات این مجموعه  شامل سانتریفوژ، هودهای لامینار، انکوباتور، میکروسکوپ فلورسنت، فریزر منفی 80 درجه، اتوکلاو،  تانک نیتروژن و ... است.  لازم به ذکر است که این کلین‌روم دارای دو اتاق کلاس B و C بوده و جهت کشت سلول‌های بنیادی و ساخت انواع داربست‌های زیستی مورد استفاده قرار خواهد گرفت.